咖啡因由於有刺激中樞神經和肌肉的作用，所以可以振作精神、增強思考能力，恢復肌肉的疲勞。作用在心血管系統，可提高心臟功能，使血管舒張，促進血液循環。對於腸胃系統，它可以幫助消化，幫助脂肪的分解。
有助於減肥
相信很多人都聽說喝黑咖啡可以減肥，其實，這只是其中的因素之一，咖啡因的確可以加速脂肪的分解，但是同時更要靠肌肉的運動，才能將多餘的脂肪酸轉變成熱能消耗掉，如果沒有經過與之配合的運動，多餘的脂肪酸又順著血流重新流回，重新堆積起脂肪。所以喝咖啡以後需要同時積極動起來，才能發揮真正的減肥功效！咖啡本身就有熱量，但不多，主要的熱量是在於你在喝咖啡時所加入奶精和糖。
抗氧化能力
近年，只要是具有抗氧化功能的食物都在市場大行其道，一般所熟知的蔬菜水果含豐富A、C、B族維生素的食物，以及在日本相當流行的茶，之所以被視是健康的食物，就是為它們含有豐富的抗氧化物質，可以對抗自由基對人體的傷害。日前有研究報告指出，咖啡所含的抗氧化物質比茶多4倍，更能對抗心血管疾病，且咖啡本身也符合抗氧化物的原則，色（深）又具有苦味。每一咖啡所含的抗氧化物質也因著沖泡的方式有所不同，如美式咖啡含抗氧化物質量最少，而Espresso所含的抗氧化最多。咖啡在加了奶精之後，也不會影其抗氧化的作用。
改善眼睛乾澀
國外的報告指出：喝咖啡者罹患乾眼症的機率，明顯比不喝咖啡者低。這主要是和咖啡中的嘌呤成分有關（含嘌呤的滴眼劑，能刺激腺體分泌液體，對眼睛具有某種保作用）。對於愛喝咖啡的電腦族來說，這當然是一個好消息，但要注意的是，咖啡本身具有利尿的作用，即使其中的一些成分具有保護作用，但對於已經罹患乾眼症的人，以及有服用任何含有利尿成分藥劑的人，必須禁止服用含咖啡因的飲料，以免加劇體內水分的流失。
可以解痛
一夜沒有睡好所帶來的頭痛、或是太陽穴側因血管收縮引起的疼痛，這些非器質性因素所引起的疼痛，都可以用咖啡來緩解，但必是在早上或是中午喝（注意：午後到夜晚禁用）。
咖啡的量
咖啡對人體然有好處但也不能多喝，每天以不超過2杯為宜，對於容易緊張焦慮的人，喝多了可能就是有害。
喝咖啡的時間
喝咖啡最好在用早餐及午餐後，因為這樣可以促進腸胃的蠕動，幫助消化，可以分解吃下去的高熱量、高脂食物，也不會像空腹喝咖啡那樣，對腸胃造成刺激。最好不要在晚餐後喝咖啡，怕會對睡眠造成影響。
若是想靠喝咖啡熬通宵，可能會在不知不中喝過量，對身體不好。
緊張時添亂
咖啡因有助於提高警覺性、靈敏性、記憶力及集中力。但飲用超過比你平常所習慣飲用量的咖啡，就會產生類似食用相同劑量的興奮劑，會造成神經過敏。對於傾向焦慮失調的人而言，咖啡因會導致手心冒汗、心悸、耳鳴這些症狀更加惡化。
加劇高血壓
咖啡因因為本身具有的止痛作用，常與其他簡單的止痛劑合成復方，但是，長期大量服用，如果你本身已有高血壓時，使用大量咖啡因只會使你的情況更為嚴重。因為光是咖啡因就能使血壓上升，若再加上情緒緊張，就會產生危險性的相乘效果，因此，高血壓的危險人群尤其應避免在工作壓力大的時候喝含咖啡因的飲料。有些常年有喝咖啡習慣的人，以為他們對咖啡因的效果已經免疫，然而事實並非如此，一項研究顯示，喝一杯咖啡後，血壓升高的時間可長達12小時。
誘發骨質疏鬆
咖啡因本身具有很好的利尿效果，如果長期且大量喝咖啡，容易造成骨質流失，對骨量的保存會有不利的影響，對於婦女來說，可能會增加骨質疏鬆的威脅。但前提是，平時食物中本來就缺乏攝取足夠的鈣，或是不經常動的人，加上更年期後的女性，因缺少雌激素造成的鈣質流失，以上這些情況再加上大量的咖啡因，才可能對骨造成威脅。如果能夠按照合理的量來享受，你還是可以做到不因噎廢食的。
這些人慎喝咖啡
肝病患者
咖啡因會延長咖啡因在體內謝的時間。一般正常的成年人咖啡因的代謝需要2小時，可是肝病患者或是肝功能不全者，咖啡因的代謝可能需4-5小時，因此肝病患者在喝咖啡時就要一定要當心，最好不要在傍晚以後喝，以免因代謝時間長而影響睡眠，而且一天最好不超1杯。
消化系統疾病患者
相信經常在胃痛胃病的人都有個經驗，就是醫生一定會囑咐，刺激性食物不要吃，包括：酒、辣椒、咖啡、茶、碳酸飲料。
咖啡之所以名列其中，就是因其中的單寧酸會刺激胃酸分泌，如果是消化疾病急性期的患者一定要避免。恢復健康之後，如果偶爾飲用咖啡，也最好是在飯後用，避免空腹喝咖啡。
孕婦
很多女性從懷孕後就開始，對所有吃進去的食物會特別留意，含有咖啡因的飲料當然也被列為禁忌之一。這主要是因孕婦對於咖啡因的代謝慢，咖啡因停留在體內的時間會延長，腹中的胎兒也要到八九個月的時候，才能通過新陳代謝，清除血液中的咖啡因。
小孩
因孩童肝、腎的發育不完全，解毒能力差，使得咖啡因代謝的半衰期會延長，所以一般說來，12歲以下兒童是需要禁止攝取咖啡因的。就算成天把咖啡當開水喝的歐美人士，對於小孩子喝咖啡也是有很嚴格的限制。
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