1689到1690年寫成的兩篇《政府論》是洛克最重要的政治論文。第一篇是對羅伯特•費爾默爵士的《先祖論即論國王之自然權》的反駁。洛克極力並有效地駁斥了費爾默的君權神授的主張。在第二篇中洛克主張統治者的權力應來自於被統治者的同意，建立國家的唯一目的，乃是為了保障社會的安全以及人民的自然權利。當政府的所作所為與這一目的相違背的時候，人民就有權利採取行動甚至以暴力的方式將權力收回。洛克也支持社會契約論。不過他也強調社會契約論是可以廢除的。他也認為每一個人都是平等的，在一個人沒有損害另一人利益的情況下可以自行其事。他也提倡個人財產的合理性，認為個人有權擁有通過勞動所獲得的合法財產。洛克提出的人所擁有的"自然權利"，就包括了生存的權利，享有自由的權利以及財產權。洛克還第一個倡導了權力的分配，他把政治權力分為立法權、行政權和外交權三種，認為行立法機關應當高於行政機關，防止專政。這方面的理論由後來的法國哲學家孟德斯鳩繼續發展，並對美國的三權分立制政體產生了一定的影響。
洛克的政治思想對後來的政治發展起到了極大的作用。洛克的自由主義被美國奉為神聖，成為民族理想。他的思想深深影響了托馬斯•傑弗遜等美國政治家，並且在美洲引發了一場轟轟烈烈的革命浪潮。洛克的影響在法國則更為激烈。伏爾泰是第一個將洛克等人的思想傳到法國去的人，法國後來的啟蒙運動乃至法國大革命都與洛克的思想不無關係。洛克第一次系統地提出"天賦人權"學說，他把在英國革命終提出的各種基本要求概括為自由權,生命權和財產權,並把它們說成是天賦人權。洛克於1704年10月28日病逝。他為自己撰寫的墓誌銘是：
"約翰•洛克躺在這附近。你若要問他是怎樣的一個人，他回答：他是一位滿足於小康命運之人。被培養成一位學者，他的學問只服從於真理，對此，你可從他的著作中得知。他的著作還會向你展示關於他的其他事情，較之於墓誌銘名不副實的讚詞，他的著作更加真實。他的美德，如果有的話，微不足道，不值得他一提，更不足以讓你仿效。讓他的惡行隨他一同被埋葬吧！有關良善的一生，要是你嚮往的話，在福音書中有一個範例；有關惡行，但願你在哪裡也找不到；有關人終有一死，在這裡和任何別處你都能得到，但願你能從中學到什麼。他生於1632年8月29日，死於1704年10月28日。這塊自身將速朽的碑是一個記錄。"
這篇樸實無華的簡短碑文展現出洛克的謙卑美德、理性精神和道德意識。在平淡無奇的碑文中，洛克沒有用一個字來為自己表功，實際上，他功勛蓋世。和偉大的哲學家柏拉圖一樣，洛克終身未婚，沒有留下肉體的後代。不過，也和柏拉圖一樣，他給人類留下了寶貴的精神遺產：他對人類認識的系統研究具有重大意義，開啟了英國經驗論哲學之先河，他尊敬的哲學家笛卡爾開啟了大陸唯理論，經驗論和唯理論都承續著古希臘的學術傳統，尊崇理性，一個側重理性與經驗的結合，一個側重理性本身，分別延續著中世紀的唯名論和實在論哲學的傾向，共同形成了歐洲近代主流哲學傳統；在政治哲學上，洛克更是意義非凡影響深遠。他深入思考、系統總結的政治理論，使得人類能夠建立起一種前所未有的保障個體自由和平等權利的社會制度，使得億萬人能享受人權，能自由而有尊嚴的追求自己的人生幸福。為了每一個人類個體能有追求幸福生活的權利，為了人類整體能夠和平共處，洛克運用了他的理性和良知，發揮了他的聰明才智，在政治哲學領域做出了巨大的貢獻。沒有個人，哪來的"人類"？洛克關注的是個體，他要使每個人類個體生命活得有自由、有尊嚴、有安全感。正是因為尊重這個凡人皆知的常識，洛克才提出了私有財產權是自由權的必不可少的內容；洛克思考出一種理論，設計出一種制度，使得人人都能貴生、尊生、安生、樂生；謙卑、理性、仁愛的洛克和他的寶貴思想遺產當永垂不朽。在洛克的墓前，人們當致以崇高的敬意。
(文章僅代表作者個人立場和觀點)
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