1，在是否贊成鄧小平退休的問題上，胡贊成而趙反對。這種分歧，既源於胡的耿直和趙的韜晦的不同人格，也源於二人對政治時機的不同判斷，即鄧是真心想退還是假意作秀？對鄧的承諾，胡相信而趙不信。
2，在經濟改革問題上的分歧：胡主張在堅持計畫和公有制的前提下進行改革，其改革的主要目標是在不觸動舊經濟體制的前提下，以全民動員式的傳統手段來大幅度提高經濟效率和老百姓的生活水平；而趙主張必須變計畫為市場、變公有為私有，也就是只有在改革舊體制的前提下，富民強國的經濟改革的目標才能實現。
3，政治改革上的分歧：儘管，胡與趙在推進政治改革和抵制文革式整人（如「清污」和「反自由化」）上是基本一致的，然而，在進行怎樣的政治改革上，二人偏好的目標和手段皆有極大的差異。胡主張的政治改革是想建立一種開明的仁政，通過發揚和繼承黨內原有的優良傳統來改造黨的作風，通過明君和清官主導的改革來造福於民；而趙主張的政治改革則是意欲建立現代政治文明，即西式的憲政民主、三權分立，通過建立符合現代政治文明的制度來造福於民。
所以，六四後，官方還允許對胡耀邦的公開懷念，但趙紫陽則成為被封閉在黑箱中的名字。
如果說，胡耀邦是中國傳統中的好人政治家，那麼，趙紫陽就是開始超越中國傳統的現代型政治家。即便假定趙的人格不如胡那樣善良耿直，但是二人如果繼續執政，趙為改革所確立的目標肯定要比胡的目標更接近世界現代文明的主流。儘管胡的個人風格在中共高官中很受讚譽，甚至連踏著胡的屍骨坐上最高權力交椅的江澤民，為了玩弄政治平衡術都要對胡表示一定的尊重。但是，長時間的一黨獨裁體制的惰性，仍然在他身上留下了不可避免的權力狂妄的政治遺傳。他在經濟上的計畫思想、在新聞上的喉舌思想、在港臺回歸上的僵硬態度、在權力分配上的一元化思想，是導致胡、趙二人分歧的主要原因。胡耀邦的計畫經濟思想、對趕超策略的熱衷以及對經濟的外行，必然造成他與當時主管經濟的趙紫陽之間的分歧。
換言之，在政治權力得不到有效制約的黨權至上的體制下，黨魁的一時心血來潮就可能變成危及整個社會的政治決策。比如，胡在經濟改革上如同胡鬧兒戲的發言，在八十年代中期就掀起了全民追逐高消費的時尚；至今，人們仍然以輕蔑的口吻談起，胡當年搞的幾千名中日青少年的交流計畫──儘管胡本人談起此事來仍然一肚子委屈。
胡、趙分歧的悲劇性在於：當黨的總書記的話在政府總理的行政權力範圍內未必就能變成經濟改革的決策時，政見上或政策上的分歧就會演變成權力上的爭鬥。按照權力分工來說，總書記管黨務和政治，總理管行政和經濟，本可以井水不犯河水。但在一黨獨裁的體制下，總書記的權力最大，行政首腦及其權力還沒有獨立性，而是必須聽命於黨魁的吆喝。所以，黨魁與總理的分歧就必然要演化為權力之爭,作為黨魁的總書記與作為行政首腦的總理之間的任何分歧，都必然涉及到黨權與行政權誰為老大的問題。
無論是政改還是經改，胡都強調要堅持黨的一元化領導，黨魁權力必然對總理行政權的進行干預，並對總理不聽黨魁的吆喝產生不滿；而趙紫陽所要的改革的第一步就是放權讓利，進而要解決黨政不分、政企不分的權力過於集中的問題，必然對黨權的過多干預極為反感。所以，胡、趙的分歧最後就要扯到是否要進行黨政分離的體制改革的衝突上。趙作為既主持經濟工作又堅持黨政分離的改革的行政首腦，必然對堅持在黨的一元化領導下進行改革的黨魁胡耀邦有所牴觸，特別是體制給予胡以凌駕於趙之上的一把手權力，經常利用黨權越界干預行政權力，肯定招致趙的內心不滿乃至行動上的抵制。而在堅持黨對一切的絕對領導權的體制下，身為黨魁的胡自然認為他有權干預一切，所有重大決策的最後決定權應該在黨魁手中，而不是在行政首腦手中。
所以，趙在鄧小平決定罷免胡的會議上所採取的立場，除了所有從政者都有的個人政治野心之外，應該也有趙想藉以擺脫黨權干預行政權的原因。
作為中共歷史上難得的兩位開明黨魁，胡、趙皆成為強人政治的犧牲品：一位含冤而死十五年了，一位軟禁至今十五年了。現在，回頭看胡、趙二人的當年分歧，胡應負的責任是黨權對行政權的過份干預，趙應負的責任是在胡遭到不公正的政治迫害時，沒有像習仲勛那樣挺身而出主持公道，而是採取了韜晦之策。
這，既是他們個人的悲劇，也是中國制度的悲劇，造成這一悲劇的最終根源，無疑是一黨獨裁的政治體制。
2004年10月25日於北京家中
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