法国的马提格斯万人冢。（图片来源：公有领域/维基百科）
欧洲的第二次瘟疫（黑死病）对欧洲中世纪的社会结构给予了毁灭性的打击，而在此之前，已经可以开始看到其各方面开始衰退的迹象。同时从11世纪开始兴盛起来的基督教神学也在中世纪末期进入了衰退期，其中当然不乏有来自于社会上的动因而造成的种种状况。
从13至14世纪，欧洲的寒冷气候便持续不断，在这期间频繁地发生饥荒。由此开始使社会基础的安定受到了严重的影响。而给予其致命打击的便是黑死病的爆发。黑死病现在一般被称为鼠疫，它从1347年至1351年间，就对中世纪的社会、经济、文化施加了前所未有的破坏性的影响。
据推测，由于这次疫病，欧洲整体上大约被夺去了2千多万人的生命。由于当时的欧洲总人口只有大约6∼7千万人，因此这次瘟疫使欧洲失去了总人口的三分之一。德国医学史家伯格哈特‧克莱斯纳便在其书中以广泛的史料为基础，极其精致地描述了14世纪这场大瘟疫对中世纪的社会和文化的影响。
这场瘟疫一般被认为源自于中亚。它一开始首先便蹂躏了拜占庭帝国，然后于1347年进入了意大利，仅仅经过了数年的时间，英国、爱尔兰、北欧以致于欧洲全境沦陷。欧洲各国都遭到了极其严重的损害。
伯格哈特在书中描述道，当时遭受到瘟疫侵袭的城市每天都有数千人死亡。有许多地方村民们都几乎死绝了，因此不断出现被废弃了的村落。由于人们并不知道疫病之病因，所以只得推测它是因某种瘴气而致。人们对此无能为力，因为找不到任何有效的治疗方法。当时被人们认为的唯一有效手段就是尽快逃离疫区。
当人们知道这种病是人传人之后，一旦哪一家出现了感染者，大人就置小孩于不顾，夫妻中的一方便抛弃另一方而赶紧逃离。感染者一旦被亲属遗弃后，便只能在家孤零零地遭受着病痛以及饥饿的折磨。而结果患者一般总是在数天后就死亡了。
教会由于其墓地已经被死者占满了，所以只能去郊外雇人挖一个巨大的墓坑，然后将死者扔进去。而被扔进去的尸体中，也不乏尚有呼吸之人。
根据许多撰写编年史的作者描述，当时往外逃离的人群中也有不少教会中担任高级职务之士以及教授级的医生。而教会中许多较低职位的无名圣职人员以及修道士和修女，还有城中的一般医生们却都奋不顾身地在当地坚持为民众服务。
在欧洲中世纪发生瘟疫以后，还出现了一些宗教集团自我鞭打的极端行为。这些鞭打者将其行为称为“回味基督所受的苦难”。他们走在城镇的街道上用鞭子抽打着自己裸露的身体，从他们的身体里流出血来。在初期人们觉得他们是在用这种方式来表示忏悔，所以得到了教会和民众的支持，但这些集团后来逐渐发展成了一种无赖的集团，最终受到了当局的取缔。
另外出现的一种极端行为就是集体性地迫害犹太人。当时在欧洲的各个城市都住着一些犹太人，由于有人去告发说有犹太人往井里投毒，于是人们就想当然地认为瘟疫也是由他们所引来的，这样就出现了对犹太人的迫害，从而犹太人成了群体性的虐待对象。
到了1351年，瘟疫的势头终于变得弱下来了，不过它接下来还是有所反复，一直持续到近代瘟疫才完全消失。
经过了黑死病的打击以后，欧洲社会发生了很大的变化。由于城市中有大量的人死亡，于是那些继承了死者遗产的人一下子成了暴发户，他们整天沉溺于享乐。
而在农村，由于农业改革所带来的生产量的大量增加以及消费人口的减少，因而造成了严重的需求不足，这样便导致了农产品的价格极其低廉，所以农民的收入急剧减少，他们处于极端的困境状态。
上述状况的最终结果，便是催化和导致了欧洲社会的结构发生了很大的改变。
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