九六七年初，毛泽东清洗了数以百万计的各级干部，主要用军队的人来替换他们。但军队立即给毛带来新的难题。新当权者中必须有造反派的参与，而号称造反派的组织多如牛毛，互相竞争，毛只能依赖军队来选择。不少军队干部倾向选择对走资派比较温和的派别，用中国当时的话说，就是不那么“左”的人。如果让军队这样干下去，文革等於没有搞。
不遂毛意的地方之一是他爱去游泳的武汉。军区司令员陈再道出身穷苦农民，十八岁参加红军，从排长一直升到上将。陈对文革非常反感，不加掩饰地表示过对刘少奇的同情。他在湖北“解放”了一大批干部，解散了下手最狠的造反派组织，抓了它们的骨干。一九六七年五月，温和派们联合起来成立了一个号称拥有一百二十万之众的“百万雄师”，陈支持这个组织加入新当权者的行列。
七月中旬，毛亲自出马来到武汉，叫陈再道改变立场。毛以为此举易如反掌，打算在陈再道照办後，用武汉给全国军队做榜样。
令毛泽东大吃一惊的是，当他的指示被传达给陈再道，说“百万雄师，不算造反派，是”保守组织“武汉军区支持它是叫巳了方向路线错误”後，陈当面顶撞毛说：“我们不承认犯了方向路线错误。”
一般的厂百万雄师“成员，还有跟他们交上朋友的军队官兵，反应更为强烈。七月二十日凌晨，他们涌上大街游行示威，反对这个指示。几百辆卡车载著数万手持长矛铁棍的工人，上千名带枪的官兵，车顶架著机关枪，到处是沸腾的愤怒情绪。人们只敢公开反对”中央文革“但矛头暗地裏指向毛。他们看到神秘的”东湖宾馆“的灯亮著，猜到毛来了住在那裏，车上高音喇叭对著宾馆大声抗议。大街上出现的标语有”江青靠边站，、“毛主席受了蒙蔽”。陈将军收到许多声援信，其中一封请求他用他的权力，r一不做，二不休……接下去数百名老百姓跟带枪的战士，冲進毛住的东湖宾馆大院裏，直冲到离毛住的楼不远处，把住在另一幢楼裏的“中央文革”成员王力一顿饱打後抓了去。
自掌权以来毛的安全还未受到过这样的威胁。刚从武汉返回北京的周恩来，立马转身再飞武汉，带来二百多名全副武装的中央警卫团人员。周把当年做地下工作的一套拿出来，到武汉後等到天黑，再乘汽车驶向毛的住地，还换了衣服，戴上墨镜。七月二十一日凌晨两点，毛乘夜色从东湖宾馆後门尴尬离去。三套交通工具同时待命：专列、专机、长江上还有舰艇。毛先说坐专列走，上了专列，他又说乘专机。赶到机场後，他没有上自己的专机，上了另一架飞机。机长问飞哪裏，毛答：“先飞起来再说。”等飞机升空後毛才下令飞往上海。
这是毛最後一次坐飞机，对他而言也是逃命。荷枪实弹的人群居然闯進他的住地混乱地拥挤抓打，这简直是不可思议。成千上万的群众游行，对他的指示公开表示敌意，游行的队伍中还有武装军人。当伟大领袖以来，毛还没有这般狼狈过。
留在武汉的周恩来把王力保了出来，见到王力时同他拥抱，把自己几天未刮胡子的脸同王力的脸贴来贴去，还流了眼泪。王力坐飞机回到北京时，特意先到的周恩来在机场率领数万人欢迎他。天安门广场举行了百万人大会声讨武汉，王力、周恩来登楼，林彪主持。
陈再道被撤职，由忠於林彪的武汉空军将领刘丰代替。卷入抗议事件的部队被改编，有的官兵押送农场劳改。“百万雄师”被解散，不肯屈服的被武力打垮。据後来官方统计，打伤打残打死的军人、干部、老百姓多达十八万四千人。陈再道和几名同事被召到北京，：坐喷气式“，拳打脚踢，陈低头弯腰六、七个钟头，被踢倒在地。这一切都不是发生在街头的批斗会上，也不是发生在不见天日的地牢中，而是在周恩来主持的政治局会议裏，打手们是空军司令吴法宪率领的高级军官。即使在流氓当道的文革中，政治局会议成了打人场所也还是独一无二。在世界政治史上恐怕也属首创。
武汉发生的事使毛又气又急，他认为百分之七十五的军队干部靠不住，决定在军内搞清洗，抓“军内走资派”。
但毛很快改变了主意。他已经打倒了大部分地方干部，军队裏不能再过多地树敌。军队的稳定至关紧要。毛装作军队受冲击不是他的意思，是“中央文革”几个人假传圣旨，把王力、关锋、戚本禹三人先後抛出做替罪羊。王力是八月三十日被捕的。一个月前，他还是耀武扬威的武汉事件英雄，在天安门城楼上受到百万大众的欢呼。欢呼的对象不是毛，这是绝无仅有的。荣耀的顶端也埋下了王力倒楣的根子。看到王力站在天安门城楼上，对著摄影机，一边是林彪，一边是周恩来，毛泽东心裏不痛快，说王力现在“膨胀起来了，要消肿”。王力跟著就進了监狱。
军队稳定了，但用谁、选谁做新当权者，还是需要解决的问题。毛不得不靠林彪，也不得不让林彪把军队的管理机构变成林的私家班子一九六七年八月十七日，毛授权林彪成立“军委办事组”负责管军队。
“办事组”成员是叶群外加几个亲信将军，他们不仅靠林飞黄腾达，有的还靠林救了性命。
其中之一是总後勤部长邱会作。文革初期，邱受到残酷批斗，肋骨被打断，肩胛骨骨膜、肌肉断裂，造成终身残废。他晕过去又被冷水泼醒再打。就在他觉得自己快要不行了的时候，林彪的手令到来，下令放他。他事後给林的效忠信说：“一九六七年一月二十五日零点四十分，是我新生的时刻，是我一辈子、是我妻子儿女一辈子不能忘记的时刻……
邱会作再度掌权後，对整过他的人進行大肆报复，监禁刑讯了四百六十二人，虐待的花样中包括逼著受关押者吃浸透粪便的馒头、踢生殖器等。八人死亡。
邱从小在“革命队伍”长大，看到过太多共产党的无情。长征前夕，他和几个孩子受命把党的文件捆成包，用布包好，用蜡封住，拴在石头上沉下鄂都河。当他们爬上岸时，发现等待他们的不是领导的夸奖，而是保卫部门黑洞洞的枪管。像无数向导和其他知情人一样，按规矩得杀了他们灭口。只因为某要人路过看见时讲情，他们才逃过了刀下鬼的命运。
林彪建立私家班子的胃口越来越大。毛曾派亲信杨成武当代理总参谋长、军委办事组组长。林彪要把杨成武拉入自己的圈子，不果，转而要搞掉杨。一九六八年三月，林彪迫使毛把杨投入监狱。同时身陷囹圄的还有空军政委余立金、北京卫戍区司令员傅崇碧。杨、余、傅的三个位子，都是林彪想要的，他换上了自己的人。毛甚至让中央军委常委也停止办公，所有元帅靠边站，停止接收文件，一切大权交到林彪手中。毛只保持一项最要紧的权：调动一个营以上的兵力要他的许可。
林彪安插黄永胜当总参谋长。尽管黄是跟毛上井岗山的，毛连他的样子跟名字也对不上号。情场老手的黄，不久成了叶群的情夫。黄、叶之间的关系在一次长达三小时的电话中显露无遗。这次电话後来官方发表了录音，说是林彪的儿子林立果偷录的，但毛搞窃听的可能性不能排除。录音这样说：
叶：我再就是怕你追求生理上的满足闯出祸来。我跟你说，我这个生命同你联系在一起的，不管政治生命和个人生命。
叶：我的孩子，还有新潮[吴法宪之子），我们的加在一起，至少有五个吧。六员大将，他们将来不会矛盾，一人把一个关口，也是你的助手嘛。
黄：呃？太感激你了！
叶：在此戴河都没讲。而且我又采取了那个措施。万一要有[怀孕），如果弄掉的话，我希望你亲眼看我一次。[哭声）
黄：我一定来！一定来。你不要这样，这样我也难受。
叶：再就是你不要因我受拘束。你对周围的人，可以开开玩笑。我不能老陪著你，我这裏也忙。我心中不狭窄，你跟别的女人，可以跟她们热一点，不要顾虑我，我甚至把她们当小妹妹一样。
黄：那我不赞成。我只忠於你一个。
叶：你喜欢别人，也可以。但有一条，嘴巴要特别严。如果她讲出去，把我牵连上，那就会发生悲剧。我家也会发生悲剧。
叶：我觉得我们要处理得好的话，对於你有好处，对我有好处，对於我们後代都有好处。你相信吗？
黄：相信！相信！相信！
既有炙热的真情，也有冷峻的政治打算，新总长的命运便跟林家拴在一起了。
林彪把空军建成他的基地。他的亲信把他二十四岁的儿子、小名“老虎”的林立果提拔为作战部副部长，向空军宣布林立果可以指挥空军的一切，调动空军的一切“。林的女儿豆豆当上了空军报副主编。
在把军队交给林彪的前後，毛曾设想过建立“第二武装”像纳粹冲锋队那样的队伍，由他称为“左派”的造反派组成，去打垮“保守派”。一九六七年“七二。”武汉受惊後，毛满怀对“保守派”的痛恨飞到上海。八月四日，上海文革中最大的一场武斗发生。经过若干天组织准备的十多万“左派”，手持长矛铁棍，把两万五千名所谓“保守派”包围在黄浦江边的上海柴油机厂，冲進去一阵毒打，一天下来九百多人受伤，许多人落下终身残疾。为了防止被围的人逃掉，东海舰队派军舰堵在江口。要调动军舰，没有毛安排绝对不可能。武斗时有两架直升飞机在天上盘旋拍电影，摄影师们两天前就在现场架设了摄影机，最後拍成一部两个半小时的纪录片，“左派”有组织地看了，毛也在别墅裏看了。他後来把指挥这场武斗的王洪文提拔为中国第三号人物，祝贺王说：我看了你们的电影，你们打了个胜仗。“
八月四日，大武斗的当天，毛下令成立“第二武装”。他给江青写信，说要“武装左派”，“我们为什么不能武装左派？他们打我们，我们就可以打他们。”
发枪给平民这道命令给毛带来了他无法控制的大乱子。到底谁是“左派”是一笔搅不清的糊涂帐。没有哪派敢自称“保守派”。以安徽为例，那裏的两派组织部说自己是“左派”，都有响当当的革命名字：一派称，“好派”因为他们宣布夺了省委的权，说他们的夺权”好得很，：一派称“屁派”，因为他们说对方的夺权”好个屁“。由於”左“的标准含混不清，军队把枪发给他们认定的”左派“。另一派不服，便去夺枪，时有军内同情者暗中相助。於是大批人手中有了武器，真枪实弹的武斗蔓延开来，全国城镇变成了大大小小的内战战场。中共掌权近二十年来第一次有了失控的危险，第一次滑向无政府状态。
毛不得不在九月五日下令全国各地收回已发枪支。但收枪不那么容易。他後来对阿尔巴尼亚国防部长说，四川省收缴了三十六万支枪，还有许多没收上的。民间有了枪，“土匪，悄悄出现在边远地带。
除了在控制严密的上海组成一支装备了武器的上百万人的队伍外，毛放弃了在全国建立“第二武装”的设想。毛也只好停止划分“左派”、‘保守派“，要各派团结起来。但各派都阳奉阴违，继续争权，武斗停不下来。
人们不上班了。经济遭到破坏。军事工业，甚至核武器工业，自文革以来第一次受到严重千扰。就连毛的个人安全也受影响。有个造反派学生想像自己是个侦探，在毛外巡时暗暗地尾随毛，从北京一直跟到杭州，消息来源是他在毛的保卫人员中的朋友。虽然两人都很快被发现关進监狱，但毛的安全工作还从来没有如此松懈过。
一年之後，不管北京怎样三令五申，武斗仍在進行。不听话的人中最知名的是蒯大富，他一心要把清华大学反对他的组织彻底打垮。无论上面怎样叫他住手，他也不听，说自己打的是“保守派”，按毛主席的指示该打。毛只好亲自出面制止他，同时也拿他做典型，警告全国大大小小的派系组织。
一九六八年七月二十七日，四万名赤手空拳的工人派進清华收缴武器。蒯下令抵抗，五名工人被打死，七百多名被打伤。第二天，他应召去人民大会堂。完全出乎他的意料，毛泽东也在场。他一头扑在毛怀裏号啕大哭，哭了好几分钟——恐怕是破天荒头一个在毛怀裏哭的外人。毛也哭了——感情、理智不能两全，他憋气。感情上毛恨不得把“保守派”全部打垮，但理智上毛为了政权不能不恢复秩序。他对蒯大富和其他在场的造反派学生领袖说，派工人去缴蒯大富的械是他的意思，要是有人不服，再继续武斗，就要由军队“包围起来”，实行歼灭“。蒯等学生领袖都乖乖地保证回去照办。
毛的讲话要点和学生领袖们的保证向全国公布。紧接著大学生们被分配到全国各地，学生组织就此解散。蒯被分到偏僻的宁夏当工人。随後，一千万中学生上山下乡。总共离开城市的有一千六百万青年，为毛政权解决了失业问题。中国的红卫兵运动也烟消云散。
在非学生的造反派中，武斗依然连绵不断。不听话的被一概打成“五一六”分子。蒯大富因为声名在外，被硬拉为“五一六总後台”，受到“隔离审查”的处置。因“五.一六”，遭殃的造反派据估计上千万，其中三百五十万被关押。
为了建立、巩固文革新政权，中共国家机器制造的暴力，其程度远超过派系之间的武斗。这一事实再清楚不过地表现在一九六八年夏的广西省。那裏毛任命的第一把手韦国清将军，不惜动用机关枪、迫击炮和大炮，镇压反对他的人。
广西全省刮起了红色恐怖“风暴。宾阳县的新当权者、六九四九部队副师长传达上面的指示说：简单的枪毙不足以吓人，”当运动起来，积极分子开始用枪杀几个问题不大，但我们要引导用拳头、石头、木棍打，这样才教育群众“。”现在告诉你们一些底：这次运动要对敌人砸死的大约三分之一或四分之一。“就这样，从七月二十六日到八月六日的十一天内，全县被残忍杀害的”阶级敌人“达三千六百八十一人。与之相比，文革头两年，被打死或迫害致死的”只有“六十八人。在这场风暴中，广西死了大约十万人。
当局组织了“杀人样板会”，教人怎样行凶，有些地方，政法干部亲自示范。就是在这种滥打狂杀的空气中，广西吃人成风。最有名的武宣县，毛死後的官方调查於一九八三年登记了有名在案的七十六个牺牲品。吃人往往发生在批斗大会後，被斗者被立即处死，身体上那些据说好吃的部分，如心、肝、生殖器，在人还没完全死去时割下来当场烹调，摆所谓‘人肉宴席“。
一个叫邓记芳的农民，唯一的罪名是地主的儿子。在清澈纯净的滩江水畔，他被五、六个人用松枝压住手脚，一人用菜刀把胸膛剖开，掏出心肝切细由众人分享。开膛的凶手在作家郑义访问时已八十六岁了，他豪气十足地说：“是我杀的，谁来问也是这个话。……不怕！那么多群众支持，杀的又是坏人，不怕！……冤鬼报仇？哈哈，干革命，心红红的！毛主席不是说：不是我们杀了他们，就是他们来杀了我们！你死我活，阶级斗争！”
全国上下建立新政权的一九六八年，是文革大屠杀登峰造极的一年。那年毛搞了个“清理阶级队伍，运动，要把全国所有的成年人全部审查一遍，造一个大”另册“，把新、老”阶级敌人“全部放進去，对他们加以不同惩处。”阶级敌人，类别多达二十三种，挨整的达数千万，比以往任何运动迫害的人都多。
一个目击者看到安徽当时的头面人物是怎样决定谁应该被枪毙的。他懒洋洋地随手翻著公安部门每月上报的可杀的“反革命”花名册，不时打著官腔说：“这个还留著吗？杀了算了。”又翻一页：“这个呢，也杀了吧。”他问身边人：：这个月江苏杀多少？浙江？，身边人回答後，他说：“我们杀个中等数吧。”人的生命便结束在这官腔的尾音下。
受害最深的省分之一是内蒙古。毛很早就怀疑有人要把内蒙分裂出去，跟外蒙古合并。那裏的负责人滕海清将军为此搞了场大清查。根据毛死後的官方调查，被清查的人，有被头顶上钉钉子的，有被割舌头挖眼睛的，有被鼻孔裏塞上火药点著火的，有妇女被用棍子强奸的。一个叫金雪云的回族女干部，被凶手们用铁钳将牙齿一颗颗拔掉，又把鼻子耳朵拧掉，然後打死。在这次清查中，根据官方的数字，三十四万六干多人遭到残酷迫害，一万六千二百二十二人致死。受牵连的高达一百万人，百分之七十五是蒙古族人。
另一个惨遭不幸的是云南。文革前的省委书记赵建民曾积极反对毛饿死人的政策，支持刘少奇，於是有了子虚乌有的“赵建民特务案”。仅此一案，根据官方数字，将近一百四十万人受到审查，打死逼死一万七干多人。
云南新当权者谭甫仁将军，自己於一九七。年十二月被人枪杀，是毛统治下被刺杀的最高级官员。在毛的中国，刺杀极其罕见。刺客叫王自正，是军区保卫部保密员。他跟谭个人无冤无仇，恨的是中共政权。早在一九四七年，他在河南家乡参加了一支国民党武装，那支武装枪杀了当地一名共产党村干部。时隔二十年，在“清理阶级队伍”中，他家乡的村民写信给当局检举他。尽管他早已隐姓埋名，远走他乡，尽管中国是如此之大，他个人是交口此之小，他还是在一九七0年四月被查出来，拘留审查。他知道等待他的命运是什么，在日记裏写道：“不是死刑，也要劳改终身。我的老婆孩子也得受牵连”。他决心杀掉当地的最大人物谭甫仁，要的是“影响更大，发泄心头之恨”。一天夜间，他设法逃出关押地，先溜回家向爱妻告别，再潜入军区大院保密室，用他知道的密码销号码开了保险柜，偷了裏面的两支手枪和二十发子弹，然後翻墙進入谭的住地行剌成功。当抓他的人来到他面前时，这个独特的复仇者开枪打伤两人後举枪自杀。
一九六九年四月，大换班後的新政权由中共“九大”正式确立。
“八大”是一九五六年开的，尽管党章规定每五年开一次党代表大会，毛拖了十三年，把所有反对他的人都清洗乾净了，才放心地开了会。
当“九大”代表的标准是“忠於毛主席”，表现方式是“对敌斗争狠”。“九大”的会场人民大会堂裏没有阶级敌人，代表们就用争先恐後跳起来呼喊“毛主席万岁”来表示忠心，在毛讲话时尤其热闹。短短六百四十九字，不到两页纸，毛足足念了二十多分钟，大部分时间被冲他欢呼的口号淹没。这样的闹剧并不是毛期待的，他要的是这些人有效率地替他干事。毛逐渐显得不耐烦了，最後草草打住。事後他要大会秘书处对喊口号的时机、内容及领喊人员做出严格规定。
“九大”的政治局常委除毛以外有林彪、周恩来、陈伯达，康生。
“中央文革”这时停止活动，江青進了政治局。同时進政治局的还有叶群及林彪的亲信们，包括总参谋长黄永胜。百分之八十一的中央委员是新人，其中将近一半来自军队，广西、云南、内蒙古的新当权者都在内。林彪本人被史无前例地写進党章，称作毛的“亲密战友和接班人”。
大清洗就此结尾。但杀人仍以各种名目继续進行。从一九六六年到一九七六年毛去世，起码有三百万人死於非命。一九七八年十二月十三日，中共领导叶剑英在中央工作会议上说，文革“包括受牵连的在内，受害的有上亿人，占全国人口的九分之一”。
不遂毛意的地方之一是他爱去游泳的武汉。军区司令员陈再道出身穷苦农民，十八岁参加红军，从排长一直升到上将。陈对文革非常反感，不加掩饰地表示过对刘少奇的同情。他在湖北“解放”了一大批干部，解散了下手最狠的造反派组织，抓了它们的骨干。一九六七年五月，温和派们联合起来成立了一个号称拥有一百二十万之众的“百万雄师”，陈支持这个组织加入新当权者的行列。
七月中旬，毛亲自出马来到武汉，叫陈再道改变立场。毛以为此举易如反掌，打算在陈再道照办後，用武汉给全国军队做榜样。
令毛泽东大吃一惊的是，当他的指示被传达给陈再道，说“百万雄师，不算造反派，是”保守组织“武汉军区支持它是叫巳了方向路线错误”後，陈当面顶撞毛说：“我们不承认犯了方向路线错误。”
一般的厂百万雄师“成员，还有跟他们交上朋友的军队官兵，反应更为强烈。七月二十日凌晨，他们涌上大街游行示威，反对这个指示。几百辆卡车载著数万手持长矛铁棍的工人，上千名带枪的官兵，车顶架著机关枪，到处是沸腾的愤怒情绪。人们只敢公开反对”中央文革“但矛头暗地裏指向毛。他们看到神秘的”东湖宾馆“的灯亮著，猜到毛来了住在那裏，车上高音喇叭对著宾馆大声抗议。大街上出现的标语有”江青靠边站，、“毛主席受了蒙蔽”。陈将军收到许多声援信，其中一封请求他用他的权力，r一不做，二不休……接下去数百名老百姓跟带枪的战士，冲進毛住的东湖宾馆大院裏，直冲到离毛住的楼不远处，把住在另一幢楼裏的“中央文革”成员王力一顿饱打後抓了去。
自掌权以来毛的安全还未受到过这样的威胁。刚从武汉返回北京的周恩来，立马转身再飞武汉，带来二百多名全副武装的中央警卫团人员。周把当年做地下工作的一套拿出来，到武汉後等到天黑，再乘汽车驶向毛的住地，还换了衣服，戴上墨镜。七月二十一日凌晨两点，毛乘夜色从东湖宾馆後门尴尬离去。三套交通工具同时待命：专列、专机、长江上还有舰艇。毛先说坐专列走，上了专列，他又说乘专机。赶到机场後，他没有上自己的专机，上了另一架飞机。机长问飞哪裏，毛答：“先飞起来再说。”等飞机升空後毛才下令飞往上海。
这是毛最後一次坐飞机，对他而言也是逃命。荷枪实弹的人群居然闯進他的住地混乱地拥挤抓打，这简直是不可思议。成千上万的群众游行，对他的指示公开表示敌意，游行的队伍中还有武装军人。当伟大领袖以来，毛还没有这般狼狈过。
留在武汉的周恩来把王力保了出来，见到王力时同他拥抱，把自己几天未刮胡子的脸同王力的脸贴来贴去，还流了眼泪。王力坐飞机回到北京时，特意先到的周恩来在机场率领数万人欢迎他。天安门广场举行了百万人大会声讨武汉，王力、周恩来登楼，林彪主持。
陈再道被撤职，由忠於林彪的武汉空军将领刘丰代替。卷入抗议事件的部队被改编，有的官兵押送农场劳改。“百万雄师”被解散，不肯屈服的被武力打垮。据後来官方统计，打伤打残打死的军人、干部、老百姓多达十八万四千人。陈再道和几名同事被召到北京，：坐喷气式“，拳打脚踢，陈低头弯腰六、七个钟头，被踢倒在地。这一切都不是发生在街头的批斗会上，也不是发生在不见天日的地牢中，而是在周恩来主持的政治局会议裏，打手们是空军司令吴法宪率领的高级军官。即使在流氓当道的文革中，政治局会议成了打人场所也还是独一无二。在世界政治史上恐怕也属首创。
武汉发生的事使毛又气又急，他认为百分之七十五的军队干部靠不住，决定在军内搞清洗，抓“军内走资派”。
但毛很快改变了主意。他已经打倒了大部分地方干部，军队裏不能再过多地树敌。军队的稳定至关紧要。毛装作军队受冲击不是他的意思，是“中央文革”几个人假传圣旨，把王力、关锋、戚本禹三人先後抛出做替罪羊。王力是八月三十日被捕的。一个月前，他还是耀武扬威的武汉事件英雄，在天安门城楼上受到百万大众的欢呼。欢呼的对象不是毛，这是绝无仅有的。荣耀的顶端也埋下了王力倒楣的根子。看到王力站在天安门城楼上，对著摄影机，一边是林彪，一边是周恩来，毛泽东心裏不痛快，说王力现在“膨胀起来了，要消肿”。王力跟著就進了监狱。
军队稳定了，但用谁、选谁做新当权者，还是需要解决的问题。毛不得不靠林彪，也不得不让林彪把军队的管理机构变成林的私家班子一九六七年八月十七日，毛授权林彪成立“军委办事组”负责管军队。
“办事组”成员是叶群外加几个亲信将军，他们不仅靠林飞黄腾达，有的还靠林救了性命。
其中之一是总後勤部长邱会作。文革初期，邱受到残酷批斗，肋骨被打断，肩胛骨骨膜、肌肉断裂，造成终身残废。他晕过去又被冷水泼醒再打。就在他觉得自己快要不行了的时候，林彪的手令到来，下令放他。他事後给林的效忠信说：“一九六七年一月二十五日零点四十分，是我新生的时刻，是我一辈子、是我妻子儿女一辈子不能忘记的时刻……
邱会作再度掌权後，对整过他的人進行大肆报复，监禁刑讯了四百六十二人，虐待的花样中包括逼著受关押者吃浸透粪便的馒头、踢生殖器等。八人死亡。
邱从小在“革命队伍”长大，看到过太多共产党的无情。长征前夕，他和几个孩子受命把党的文件捆成包，用布包好，用蜡封住，拴在石头上沉下鄂都河。当他们爬上岸时，发现等待他们的不是领导的夸奖，而是保卫部门黑洞洞的枪管。像无数向导和其他知情人一样，按规矩得杀了他们灭口。只因为某要人路过看见时讲情，他们才逃过了刀下鬼的命运。
林彪建立私家班子的胃口越来越大。毛曾派亲信杨成武当代理总参谋长、军委办事组组长。林彪要把杨成武拉入自己的圈子，不果，转而要搞掉杨。一九六八年三月，林彪迫使毛把杨投入监狱。同时身陷囹圄的还有空军政委余立金、北京卫戍区司令员傅崇碧。杨、余、傅的三个位子，都是林彪想要的，他换上了自己的人。毛甚至让中央军委常委也停止办公，所有元帅靠边站，停止接收文件，一切大权交到林彪手中。毛只保持一项最要紧的权：调动一个营以上的兵力要他的许可。
林彪安插黄永胜当总参谋长。尽管黄是跟毛上井岗山的，毛连他的样子跟名字也对不上号。情场老手的黄，不久成了叶群的情夫。黄、叶之间的关系在一次长达三小时的电话中显露无遗。这次电话後来官方发表了录音，说是林彪的儿子林立果偷录的，但毛搞窃听的可能性不能排除。录音这样说：
叶：我再就是怕你追求生理上的满足闯出祸来。我跟你说，我这个生命同你联系在一起的，不管政治生命和个人生命。
叶：我的孩子，还有新潮[吴法宪之子），我们的加在一起，至少有五个吧。六员大将，他们将来不会矛盾，一人把一个关口，也是你的助手嘛。
黄：呃？太感激你了！
叶：在此戴河都没讲。而且我又采取了那个措施。万一要有[怀孕），如果弄掉的话，我希望你亲眼看我一次。[哭声）
黄：我一定来！一定来。你不要这样，这样我也难受。
叶：再就是你不要因我受拘束。你对周围的人，可以开开玩笑。我不能老陪著你，我这裏也忙。我心中不狭窄，你跟别的女人，可以跟她们热一点，不要顾虑我，我甚至把她们当小妹妹一样。
黄：那我不赞成。我只忠於你一个。
叶：你喜欢别人，也可以。但有一条，嘴巴要特别严。如果她讲出去，把我牵连上，那就会发生悲剧。我家也会发生悲剧。
叶：我觉得我们要处理得好的话，对於你有好处，对我有好处，对於我们後代都有好处。你相信吗？
黄：相信！相信！相信！
既有炙热的真情，也有冷峻的政治打算，新总长的命运便跟林家拴在一起了。
林彪把空军建成他的基地。他的亲信把他二十四岁的儿子、小名“老虎”的林立果提拔为作战部副部长，向空军宣布林立果可以指挥空军的一切，调动空军的一切“。林的女儿豆豆当上了空军报副主编。
在把军队交给林彪的前後，毛曾设想过建立“第二武装”像纳粹冲锋队那样的队伍，由他称为“左派”的造反派组成，去打垮“保守派”。一九六七年“七二。”武汉受惊後，毛满怀对“保守派”的痛恨飞到上海。八月四日，上海文革中最大的一场武斗发生。经过若干天组织准备的十多万“左派”，手持长矛铁棍，把两万五千名所谓“保守派”包围在黄浦江边的上海柴油机厂，冲進去一阵毒打，一天下来九百多人受伤，许多人落下终身残疾。为了防止被围的人逃掉，东海舰队派军舰堵在江口。要调动军舰，没有毛安排绝对不可能。武斗时有两架直升飞机在天上盘旋拍电影，摄影师们两天前就在现场架设了摄影机，最後拍成一部两个半小时的纪录片，“左派”有组织地看了，毛也在别墅裏看了。他後来把指挥这场武斗的王洪文提拔为中国第三号人物，祝贺王说：我看了你们的电影，你们打了个胜仗。“
八月四日，大武斗的当天，毛下令成立“第二武装”。他给江青写信，说要“武装左派”，“我们为什么不能武装左派？他们打我们，我们就可以打他们。”
发枪给平民这道命令给毛带来了他无法控制的大乱子。到底谁是“左派”是一笔搅不清的糊涂帐。没有哪派敢自称“保守派”。以安徽为例，那裏的两派组织部说自己是“左派”，都有响当当的革命名字：一派称，“好派”因为他们宣布夺了省委的权，说他们的夺权”好得很，：一派称“屁派”，因为他们说对方的夺权”好个屁“。由於”左“的标准含混不清，军队把枪发给他们认定的”左派“。另一派不服，便去夺枪，时有军内同情者暗中相助。於是大批人手中有了武器，真枪实弹的武斗蔓延开来，全国城镇变成了大大小小的内战战场。中共掌权近二十年来第一次有了失控的危险，第一次滑向无政府状态。
毛不得不在九月五日下令全国各地收回已发枪支。但收枪不那么容易。他後来对阿尔巴尼亚国防部长说，四川省收缴了三十六万支枪，还有许多没收上的。民间有了枪，“土匪，悄悄出现在边远地带。
除了在控制严密的上海组成一支装备了武器的上百万人的队伍外，毛放弃了在全国建立“第二武装”的设想。毛也只好停止划分“左派”、‘保守派“，要各派团结起来。但各派都阳奉阴违，继续争权，武斗停不下来。
人们不上班了。经济遭到破坏。军事工业，甚至核武器工业，自文革以来第一次受到严重千扰。就连毛的个人安全也受影响。有个造反派学生想像自己是个侦探，在毛外巡时暗暗地尾随毛，从北京一直跟到杭州，消息来源是他在毛的保卫人员中的朋友。虽然两人都很快被发现关進监狱，但毛的安全工作还从来没有如此松懈过。
一年之後，不管北京怎样三令五申，武斗仍在進行。不听话的人中最知名的是蒯大富，他一心要把清华大学反对他的组织彻底打垮。无论上面怎样叫他住手，他也不听，说自己打的是“保守派”，按毛主席的指示该打。毛只好亲自出面制止他，同时也拿他做典型，警告全国大大小小的派系组织。
一九六八年七月二十七日，四万名赤手空拳的工人派進清华收缴武器。蒯下令抵抗，五名工人被打死，七百多名被打伤。第二天，他应召去人民大会堂。完全出乎他的意料，毛泽东也在场。他一头扑在毛怀裏号啕大哭，哭了好几分钟——恐怕是破天荒头一个在毛怀裏哭的外人。毛也哭了——感情、理智不能两全，他憋气。感情上毛恨不得把“保守派”全部打垮，但理智上毛为了政权不能不恢复秩序。他对蒯大富和其他在场的造反派学生领袖说，派工人去缴蒯大富的械是他的意思，要是有人不服，再继续武斗，就要由军队“包围起来”，实行歼灭“。蒯等学生领袖都乖乖地保证回去照办。
毛的讲话要点和学生领袖们的保证向全国公布。紧接著大学生们被分配到全国各地，学生组织就此解散。蒯被分到偏僻的宁夏当工人。随後，一千万中学生上山下乡。总共离开城市的有一千六百万青年，为毛政权解决了失业问题。中国的红卫兵运动也烟消云散。
在非学生的造反派中，武斗依然连绵不断。不听话的被一概打成“五一六”分子。蒯大富因为声名在外，被硬拉为“五一六总後台”，受到“隔离审查”的处置。因“五.一六”，遭殃的造反派据估计上千万，其中三百五十万被关押。
为了建立、巩固文革新政权，中共国家机器制造的暴力，其程度远超过派系之间的武斗。这一事实再清楚不过地表现在一九六八年夏的广西省。那裏毛任命的第一把手韦国清将军，不惜动用机关枪、迫击炮和大炮，镇压反对他的人。
广西全省刮起了红色恐怖“风暴。宾阳县的新当权者、六九四九部队副师长传达上面的指示说：简单的枪毙不足以吓人，”当运动起来，积极分子开始用枪杀几个问题不大，但我们要引导用拳头、石头、木棍打，这样才教育群众“。”现在告诉你们一些底：这次运动要对敌人砸死的大约三分之一或四分之一。“就这样，从七月二十六日到八月六日的十一天内，全县被残忍杀害的”阶级敌人“达三千六百八十一人。与之相比，文革头两年，被打死或迫害致死的”只有“六十八人。在这场风暴中，广西死了大约十万人。
当局组织了“杀人样板会”，教人怎样行凶，有些地方，政法干部亲自示范。就是在这种滥打狂杀的空气中，广西吃人成风。最有名的武宣县，毛死後的官方调查於一九八三年登记了有名在案的七十六个牺牲品。吃人往往发生在批斗大会後，被斗者被立即处死，身体上那些据说好吃的部分，如心、肝、生殖器，在人还没完全死去时割下来当场烹调，摆所谓‘人肉宴席“。
一个叫邓记芳的农民，唯一的罪名是地主的儿子。在清澈纯净的滩江水畔，他被五、六个人用松枝压住手脚，一人用菜刀把胸膛剖开，掏出心肝切细由众人分享。开膛的凶手在作家郑义访问时已八十六岁了，他豪气十足地说：“是我杀的，谁来问也是这个话。……不怕！那么多群众支持，杀的又是坏人，不怕！……冤鬼报仇？哈哈，干革命，心红红的！毛主席不是说：不是我们杀了他们，就是他们来杀了我们！你死我活，阶级斗争！”
全国上下建立新政权的一九六八年，是文革大屠杀登峰造极的一年。那年毛搞了个“清理阶级队伍，运动，要把全国所有的成年人全部审查一遍，造一个大”另册“，把新、老”阶级敌人“全部放進去，对他们加以不同惩处。”阶级敌人，类别多达二十三种，挨整的达数千万，比以往任何运动迫害的人都多。
一个目击者看到安徽当时的头面人物是怎样决定谁应该被枪毙的。他懒洋洋地随手翻著公安部门每月上报的可杀的“反革命”花名册，不时打著官腔说：“这个还留著吗？杀了算了。”又翻一页：“这个呢，也杀了吧。”他问身边人：：这个月江苏杀多少？浙江？，身边人回答後，他说：“我们杀个中等数吧。”人的生命便结束在这官腔的尾音下。
受害最深的省分之一是内蒙古。毛很早就怀疑有人要把内蒙分裂出去，跟外蒙古合并。那裏的负责人滕海清将军为此搞了场大清查。根据毛死後的官方调查，被清查的人，有被头顶上钉钉子的，有被割舌头挖眼睛的，有被鼻孔裏塞上火药点著火的，有妇女被用棍子强奸的。一个叫金雪云的回族女干部，被凶手们用铁钳将牙齿一颗颗拔掉，又把鼻子耳朵拧掉，然後打死。在这次清查中，根据官方的数字，三十四万六干多人遭到残酷迫害，一万六千二百二十二人致死。受牵连的高达一百万人，百分之七十五是蒙古族人。
另一个惨遭不幸的是云南。文革前的省委书记赵建民曾积极反对毛饿死人的政策，支持刘少奇，於是有了子虚乌有的“赵建民特务案”。仅此一案，根据官方数字，将近一百四十万人受到审查，打死逼死一万七干多人。
云南新当权者谭甫仁将军，自己於一九七。年十二月被人枪杀，是毛统治下被刺杀的最高级官员。在毛的中国，刺杀极其罕见。刺客叫王自正，是军区保卫部保密员。他跟谭个人无冤无仇，恨的是中共政权。早在一九四七年，他在河南家乡参加了一支国民党武装，那支武装枪杀了当地一名共产党村干部。时隔二十年，在“清理阶级队伍”中，他家乡的村民写信给当局检举他。尽管他早已隐姓埋名，远走他乡，尽管中国是如此之大，他个人是交口此之小，他还是在一九七0年四月被查出来，拘留审查。他知道等待他的命运是什么，在日记裏写道：“不是死刑，也要劳改终身。我的老婆孩子也得受牵连”。他决心杀掉当地的最大人物谭甫仁，要的是“影响更大，发泄心头之恨”。一天夜间，他设法逃出关押地，先溜回家向爱妻告别，再潜入军区大院保密室，用他知道的密码销号码开了保险柜，偷了裏面的两支手枪和二十发子弹，然後翻墙進入谭的住地行剌成功。当抓他的人来到他面前时，这个独特的复仇者开枪打伤两人後举枪自杀。
一九六九年四月，大换班後的新政权由中共“九大”正式确立。
“八大”是一九五六年开的，尽管党章规定每五年开一次党代表大会，毛拖了十三年，把所有反对他的人都清洗乾净了，才放心地开了会。
当“九大”代表的标准是“忠於毛主席”，表现方式是“对敌斗争狠”。“九大”的会场人民大会堂裏没有阶级敌人，代表们就用争先恐後跳起来呼喊“毛主席万岁”来表示忠心，在毛讲话时尤其热闹。短短六百四十九字，不到两页纸，毛足足念了二十多分钟，大部分时间被冲他欢呼的口号淹没。这样的闹剧并不是毛期待的，他要的是这些人有效率地替他干事。毛逐渐显得不耐烦了，最後草草打住。事後他要大会秘书处对喊口号的时机、内容及领喊人员做出严格规定。
“九大”的政治局常委除毛以外有林彪、周恩来、陈伯达，康生。
“中央文革”这时停止活动，江青進了政治局。同时進政治局的还有叶群及林彪的亲信们，包括总参谋长黄永胜。百分之八十一的中央委员是新人，其中将近一半来自军队，广西、云南、内蒙古的新当权者都在内。林彪本人被史无前例地写進党章，称作毛的“亲密战友和接班人”。
大清洗就此结尾。但杀人仍以各种名目继续進行。从一九六六年到一九七六年毛去世，起码有三百万人死於非命。一九七八年十二月十三日，中共领导叶剑英在中央工作会议上说，文革“包括受牵连的在内，受害的有上亿人，占全国人口的九分之一”。
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