到了19世纪后期，“北洋”、“南洋”则是当时中国科学进步的启明灯。北洋大学堂诞生不久，天津义和团，此后又是八国联军入侵，其发展受到一定影响。南洋公学则由于地处人文荟萃的上海租界，一直致力工业救国，发展更好一些，因此是本世纪二十代前中国最好的大学。
后来北京大学成为中国当时最有名的大学。特别是人文方面更是无人能望其项背，但当时的北大理工科还很差。理工科还是“南洋”、“北洋”强。“南洋”于1921年并入唐山、北京两校后，改称交通大学，是当时最好的理工学府。“北洋”即后来的天津大学，理工科也十分强劲。但南洋、北洋虽有理、工、管，但缺乏文科，还不是综合大学。
20年代中期，北伐成功，国民党定都南京，国内形势趋向稳定，中国大学也迎来了发展的新时期。国民党四处收集人才开始组建中央大学，想将之建为国民政府的最高学府，到了30年代，学科门类最齐全的中央大学终于建成。清华大学也于20年代崛起，由于清华前身是留美预备学校，起点好，因此，较短时间就发展成为中国最好的大学之一，文、理、工都有很强的实力。北京大学则改名为北平大学，由于蔡元培的离去和全国重心的南移，有些衰落。张伯芩和范严孙在天津创办了私立的南开大学，发展也很快。同济大学成为有名的理、工、医大学，此外，全国有名的大学还有东吴大学、中山大学、武汉大学、山东大学、厦门大学、浙江大学、圣约翰大学、燕京大学等。
总的看，20年代中期到抗日战争前，中国最好的大学是中央大学、交通大学、清华大学和北平大学。除四强外，再下来就是北洋、东吴、同济、浙大、南开、山大、复旦等。
抗日战争爆发后，各大学开始内迁。清华、北平、南开迁到昆明组成了西南联合大学；中大和交大迁到陪都重庆；浙大迁到贵州。西南联大合聚三校之力，无疑是当时全国最好的大学，名师璀璨，学生优异，也可以说是当时世界的名校。中大和交大内迁重庆，但在南京和上海都留下伪中大和伪交大，从而使其实力大受影响，无法与西南联大比肩。浙大则创造了一个神话，在竺可桢带领下，在战火中成长壮大，一举成为当时最好的大学之一，这也是浙大学子最为骄傲的时期。抗日战争期间，西南联大一枝独秀，中大、交大、浙大则不相上下。
抗战胜利后，各校迁回旧址，开始了新的发展。清华在西南联大时期又招集了一批名师，分校后更加强大，中大和交大也开始恢复元气，浙大继续保持良好发展势头，北平大学则停滞不前甚至有些不如燕京大学，南开从私立成为国立大学后得到了很大的发展，经过西南联大时期也更为有名。抗战到1949年中共建政，中国最好的大学则是清华、中大、交大、浙大。其次是北平大学、同济大学、南开大学、东吴大学、武汉大学、燕京大学等。
1949年后，共产党进行了院校调整，学习苏联单科大学模式，南京以中大和金陵大学为主被肢解组合成几个大学，面目全非，南京大学和东南大学为主要继承者。交大理科、管理被拆到复旦等校成为纯工科大学，唐山、北方两交大也相继独立。浙大按理、工、农拆成几部分，理科主要并入了复旦。清华也调整为纯工科大学，北大和复旦则是院校调整的最大受益者，特别是复旦一举成为全国顶尖大学。清华、交大等校还支援东北建立起了专门学习苏联的哈工大和哈军工。可以说1952年的院校调整中大、浙大和交大是最大的受害者，清华文理被调到北大，工科完整保留并有所加强。南开和天大也进行文理工的组合。因此60年代文革前中国最好的大学是北京大学、清华大学、复旦大学、中国科技大学这四所。
“文革”期间，高校停止招生，教师被迫害，高校成为批斗的场所，科研教学受到严重影响。
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