台北市长马英九周一（5月26日）表示，同意邱淑媞去职，并非因她不适任，而是她辞意甚坚，加上疫情趋缓，他只好同意。
台北市政府是在星期日晚间临时召开记者会，宣布市长马英九已同意卫生局长邱淑媞的请辞。
邱淑媞于5月8日首度提出辞呈，20日再以口头辞职，但当时都获得慰留，星期日则第三度请辞。
马英九在记者会上表示，他并不愿意邱淑媞离开市府，“不过，她坚持阶段性任务已经完成，现在离开是最好的时机，所以此时我成全她。”
“救灾权威”
台北市卫生局长职务由副市长欧晋德暂兼。马英九表示，欧晋德是台北市府的“救灾权威”，不论是921大地震、纳莉台风，水灾或旱灾等，欧晋德无役不与，无役不克，最近协助防疫工作，也已驾轻就熟。
同时，台北市府也会在近期内积极物色新的卫生局长人选。
邱淑媞请辞后，马英九原安排她担任市府有给职顾问，但邱淑媞已经婉谢。不过她也表示，如果有在公共卫生政策方面她可以贡献心力的，她会“回来”。
邱淑媞也提到自己在防疫上的政策，包括设置发烧筛检站、呼吁发烧病人隔离观察72小时等，都已见成效。
她并自豪地说∶“过去我预言的事情都成真了，这次我的预言还是会实现。”
她乐观认为台北市的疫情会得到很好的控制，希望大家要有信心。
邱淑媞引以为傲的“预言”，是指她在3月下旬时即主张应把SARS列为法定传染病，及在4月上旬提出台湾需注意可能出现本土病例等。
“炮打中央”
当时台湾SARS疫情并不严重，邱淑媞的这些主张，事后被认为是具有专业判断的“先见之明”，但她的行事作风也常被质疑为“炮打中央”，与中央不同调。
台湾继中央级的卫生署长涂醒哲辞职下台后，这次台北市政府也首度有主管官员因SARS疫情而去职。
不过，与涂醒哲几乎遭到一致负评的情况相比，邱淑媞可说是毁誉参半。
舆论一般认为，4月下旬台北市立和平医院爆发院内集体感染，及近来市府惩处多家医院、多名医师的防疫疏失中，疑似有惩处不公和行政效率不彰等问题，备受外界抨击，应是邱淑媞终于请辞获准的主因。
有望控制疫情
市长马英九星期一（26日）在重新开张的台大医院急诊部面对媒体询问时，再度肯定邱淑媞任内的表现，并强调同意她去职，并非因她不适任，而是目前疫情趋缓，防疫工作告一段落，应该是适当时机，让邱淑媞追寻自己的生涯规划，出国进修后再出发。
身为台湾医界龙头的台大医院，曾因担心爆发院内集体感染而紧急关闭急诊部，为时两周，进行大消毒。
星期一上午起重新开放服务，马英九与行政院防疫总指挥李明亮等人，都到场致谢。
台大医院急诊部重新开放后，也改采较严格的急诊流量、动线管制措施，所有急诊病患都要先经过发烧筛检，发烧病患需隔离问诊，确定无虞者才可以进入急诊部就诊。
此外，台湾到星期一的疫情统计是，可能病例（即确定病例）新增12人，达到585人；死亡病例没有增加，维持在72人。
卫生署长陈建仁表示，疫情正在有效监控中，他呼吁民众仍要勤洗手和量体温，到6月中旬时疫情应可以获得控制。
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