臺灣高檢署就國民黨總統參選人馬英九的特別費案，向最高法院提起上訴，其主要理由是法官的判決違背法令，並且前後矛盾。
高檢署說，特別費爭議並沒有因馬英九獲判無罪而停止，原審判決對特別費性質認定有許多違背法令情事，為使社會爭議降至最低，有必要由終審法院釐清爭點，統一法律見解。
馬英九在臺北市長任內的特別費案，此前在臺北地方法院一審以及高等法院二審宣判都獲判無罪，其主要理由是將特別費視為對行政首長的實質補貼。
法院的判決雖避免了臺灣的一場政治風暴，但其把原應用於公務的特別費，視為首長個人私款的判決，卻引起了檢方質疑。
此前臺北地方法院在判決書中，引用中國歷史上宋朝的"公使錢"，陳述特別費沿革，也引起質疑不應以封建時代制度，來解釋現代事務。
馬控告檢方
馬英九對於遭上訴表示，上訴與否是檢方的權利，他予以尊重。
馬英九在一審獲判無罪後曾表示，這場官司是虛耗並且應停止繼續上訴，而在二審獲判無罪後他則進一步控告起訴他的檢察官。
他除了控告起訴他的檢察官"偽造文書"外，並且控告偵辦民進黨總統參選人謝長廷的另兩名檢察官"濫權不追訴"。
由於這三名檢察官都在檢辦政界人士的高檢署特偵組，馬英九對他們的提告，被其對手質疑是想要干擾目前還在偵辦中的其它案件。
民進黨此前向司法機關檢舉，馬英九在臺北市長以及國民黨主席任內涉及九件弊案，而這些案件目前正由特偵組調查偵辦中。
檢方目前為止尚未宣布是否對這些案件起訴，但即使在近日起訴，依臺灣司法審判時程來看，法院不可能在總統選舉前作出宣判，因此不會影響到馬英九的參選資格。
馬英九特別費案的三審判決，也被廣泛認為不可能在總統選前作出判決，不過也有臺灣媒體指出，若法院以急件審理，也不排除在選前會有結果。
社會看法分歧
許多臺灣藍綠高層政界人士，都被捲入特別費的司法案件中，包括了第一夫人吳淑珍以及副總統呂秀蓮的案件也都在法院審理中。
總統陳水扁雖然因司法豁免權而未被起訴，但他於今年五月卸任後還是可能因國務機要費案被法院審判。
在藍綠激烈對抗的臺灣社會，這些案件是否有罪，隨著陣營的不同而有不同看法，司法機關在這些案件中，無法起到定紛止爭的效果。
被起訴的一方往往宣稱司法受到政治干預或有特定立場，而若司法起訴其對手陣營，則宣稱這是司法獨立或良心的表現。
臺灣的司法機關在國民黨一黨專政時期，曾經是政府統治工具之一，近年來雖已脫離過去的角色，但隨著這些高度政治性案件，使得司法與政治的關係，在臺灣再度受到不同看法的檢驗。
泛藍方面質疑司法仍像過去一樣政治的控制，泛綠方面則質疑這些過去聽命國民黨的司法人員，在民主化後心態上並未調整中立。
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