纳豆在日本已有上千年历史，早期和我们的豆花一样，挑担沿街叫卖。其味道特别，并非人人都可以接受。
直到十多年前，研究人员无意中发现纳豆所含特别养分，引发了研究纳豆的热潮。
纳豆源于中国。古书《和汉三才图会》记载：“纳豆自中国秦汉以来开始制作。”纳豆初始于中国的豆豉，原名“幽菽”，古时称大豆为“菽”，据《中国化学史》解释，“幽菽”是大豆煮熟后，经过幽闭发酵而成的意思，后来更名为豆豉。
豆豉在我国有着十分悠久的历史，而且历久不衰，更于奈良时代由僧侣传入日本。日本也曾称纳豆为“豉”，由于豆豉在僧家寺院的纳所制造后放入瓮中贮藏，所以日本人称其为“唐纳豆”，纳豆应该就是被日本化的中国豆豉。
豆豉在中医药学上是一味中药，也是一种传统的发酵大豆食品，属于药食兼用品种。如中成药银翘解毒片、羚翘解毒片中均含有豆豉。
早在《本草纲目》中，李时珍就指出：豆豉有开胃增食、消食化滞、发汗解表、除烦平喘、祛风散寒、治水土不服、解山岚瘴气等疗效。
但随着科学进步以及人们饮食观念改变，豆豉因高盐等原因，被当成调味品使用，虽然认为豆豉类产品有良好的保健作用，但缺乏理论依据，疏于文字总结，以致对中国豆豉保健与医疗的研究，并未被科学家重视。
日本所制作纳豆的纳豆菌命名为纳豆芽孢杆菌（Bacillus.Subtilis Natto），其生理学特性及其他性质与枯草杆菌相同，所以将纳豆菌包括于枯草杆菌属内。目前为止，尚未把纳豆菌列为独立的菌种，但习惯上仍称为纳豆杆菌。
纳豆菌食品含有人体所需的皂素、异黄酮、不饱和脂肪酸、叶酸、食物纤维、钙、铁、钾，其所含丰富的维他命K2、维他命E、卵磷脂、亚麻酸等，可延缓老化、提高记忆力等。
另外纳豆菌发酵后所产生的独特成分，如纳豆激←（Nattokinase）、Pyrazine及
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