陈水扁嫡系爱将余连发接掌后备司令部

此外，海军副总司令林镇夷中将晋升为上将，并调升为参谋总部副参谋总长，现任副参谋总长费鸿波上将则调任国防大学校长，原国防大学校长谢建东上将及后备司令部司令陈礼端上将二人，都将转任总统府战略顾问。

中将部分，陆军方面，马祖防卫司令部司令程士瑜中将调任国防部作战计划次长，陆军准则会主委陆小荣调任马防部司令，作战计划次长吴斯怀调任陆军准则会主委；海军方面，国防部常务次长雷光墅、海军舰队司令王立申调升海军副总司令，国防部长办公室主任李仲威出任国防部常务次长，国防部战规司长高广圻出任海军舰队司令。

此外，作战计划次长室执行官梁功凯少将升任国防部战规司长，海军战训署长陈永康任国防部长办公室主任一职。