清华大学
工学第一名、管理学第三名
北京大学
理学第一名、哲学第一名、文学第一名、法学第一名、医学第二名
中国协和医科大学
医学第一名
中国农业大学
农学第一名
南京大学
历史学第一名、理学第二名、文学第三名
西安交通大学
管理学第一名
北京师范大学
教育学第一名
中国人民大学
经济学第一名、法学第二名
浙江大学
工学第二名、管理学第二名
复旦大学
经济学第二名、文学第二名、医学第三名
上海交通大学
工学第三名
中国科学技术大学
理学第三名
华中科技大学
工学第四名
哈尔滨工业大学
工学第五名
天津大学
工学第六名
2004中国一流大学的数量与上一年度持平，均为15所，其中天津大学以工学第六名首次进入《中国大学评价》的中国一流大学。
天津大学的工学在2003年列中国大学第7名。本年度天津大学的工学超过西安交通大学而列第6名，进入中国一流大学行列。西安交通大学以管理学第1名仍列中国一流大学。
2003年，武汉大学的哲学以微弱的优势获得中国大学第1名，进入中国一流大学。本年度，武汉大学的哲学未能继续保持第1名。
南京农业大学的农学是本年度中国大学的第2名，只是因为全校的科研成果总量没有达到研究型大学的标准而未进入中国一流大学。
需要说明，在本科专业分类中，心理学属于理学门，而在研究生专业分类中，心理学属于教育学门。为了避免出现两个教育学第一名，自2003年起，本评价的教育学得分含心理学类各本科专业的得分，北京师范大学因此连续两年获得教育学第一名。如果不包含心理学各专业的得分，则教育学第一名为华东师范大学。
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