中国专家在内地非典型肺炎的病者身上发现衣原体，并相信这只病菌是引致今次疫症的“元凶”，而不是本港专家指出的冠状病毒或副黏液病毒。本港医学界指出，病菌可用抗生素对付，与治疗病毒引起的肺炎方法不同。
香港大学微生物学系助理教授黄世贤指出，衣原体为细菌，其中一种会引起肺炎、气管炎或喉炎等病症，但病发速度较慢，也很少引致死亡，估计内地发现的可能是一种全新或变种的衣原体。衣原体不能透过空气传播，一般经口水或接触传染，可使用四环素、红霉素等抗生素治疗。
两大发现不同病毒
上月十八日深夜，本港中文大学医学院微生物学系教授谈兆麟宣布：“我们利用基本的电子显微镜在病人的样本中发现病毒，病毒属于副黏液病毒科。”并指新发现显示，本港医院治疗肺炎病人的药物能对症下药，治疗方向正确。世界生组织德国热带流感研究中心亦找出同一致病源。
不过，一个多星期后，香港大学医学院微生学研究小组以沙田威尔斯亲王医院以外的病例，发现一种全新的冠状病毒，才是引起这场世纪疫症的元凶。美国疾病控制及预防中心也有相同的发现，但至今仍未有定论。
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