查爾斯·達爾文（Charles Darwin）對觀察自然充滿了熱情，對萬物的起源也研究很深，他在生物學中掀起了一場革命。卡爾？馬克思（Karl Marx）則是一個敏銳的社會觀察者，他同樣對物種起源有過認真思考，這位偉人革新了經濟學和政治學。這兩人同為19世紀的巨人，對後世影響深遠。同時他們又都對辯證唯物主義深表贊同。唯物論認為物質是唯一的變化主體，所有的變化都是事物固有的內部矛盾作用的結果。在某些特定年代，唯物辯證主義對知識份子和工人階級有著很大的吸引力，但最近一個世紀末以來，它開始受到質疑。
達爾文主義也開始處於類似的窘境。並不僅僅是因為創造論者為它敲響了喪鐘，達爾文自己也很清楚地意識到進化論的缺陷。他曾把開花植物的起源稱作「討厭的謎題」，並且這個謎題至今仍未得到解決。
為瞭解決這個「討厭的謎題」，科學家們花費了上百年時間，不辭辛勞地尋找化石遺蹟，試圖發現從不開花植物到開花植物之間那缺失的一環。不幸的是，在這個過程中大量的疑點如雨後春筍層出不窮。達爾文曾預計到過渡時期化石的空缺造成的問題。他在那時寫道：「這是一個最嚴重的、足以推翻整個理論的問題。」
儘管如此，他還是沒有預見到將真正威脅進化論基礎的東西。為什麼呢？因為生物化學在達爾文所處的時代還處於胚芽狀態，所以他不可能想像到，在《物種起源》（Origin of Species）出版後僅僅不到一百年，DNA的結構就被發現了。
隨著科學技術的進步，一位生物化學家成為顛覆進化論的先鋒之一。他的名字叫邁克爾.巴赫（Michael Bahe），一位生物學教授，寫作了《達爾文的黑匣子》（Darwin s Black Box）一書。在書中，巴赫指出試管中出現了一種奇怪的釀造氣泡現象。他集中分析了以下五種現象：血液印跡，眼睫毛，人類免疫系統，物質在細胞中的傳輸，以及合成的核苷酸。他系統地分析了每一種現象，並得到了一個令人震驚的結論：這些系統是如此複雜，進化論聲稱的那種逐漸的、一步一步來的進化之路根本就不能達到這種程度。
進化論的基礎很簡單，也許太簡單了。它的理論基礎就是：地球上的生命進化是通過一系列的生物變化達成的，這些生物變化則是自然選擇和隨機的基因突變共同起作用的結果。隨著時間的過去，一種生物逐漸變成了另一種生物。在適應環境變化的過程中，最適合的種群生存繁衍，而不能適應的種群逐漸消亡。這就形成了進化論最有名的原理：適者生存。
一代又一代，我們都被這樣的理論教育著。我們都曾學到，魚變成了兩棲類，兩棲類變成了爬行動物，爬行動物進化成鳥類，鳥類變成了哺乳動物。顯然，向學齡兒童解釋這些過程可比證明這些過程要容易多了。
可以這麼說，進化論是唯一一種在還沒有被科學嚴密論證的情況下，就在世界範圍內廣泛傳播教育的理論。儘管如此，進化論學家仍然聲稱進化論不僅僅是一種理論，更是一種科學事實。問題在於神造萬物與進化得萬物之間根本沒有選擇。解決這個問題的關鍵在於：進化論曾經被科學證據證明過嗎？
達爾文知道證明進化論的唯一途徑就是努力尋找化石證據。這種努力從他那個時代開始一直延續到今天。有多少古生物學者、地質學家、古蹟發掘者、建築工人、鑽井機、鑽油機、考古學家、人類學家、學生以及業餘化石愛好者在地上鍥而不舍地打洞找尋啊。我猜肯定有數百萬之眾了。
到底有什麼化石能夠證明過渡種群的存在呢？哈佛大學的生物學家斯蒂芬.傑伊.古爾德（Stephen Jay Gould）是一位進化論的堅決擁護者，但他最近也指出，所有的古生物學家都知道，過渡形態的化石證據微乎其微，主要族類之間的過渡形態更是極其缺乏。
古爾德並沒有說化石很少，他只說能用來證明達爾文學說的化石很少。我們得解釋一下，古代以及近代族群的化石很多。舉個例子，我們發現了早期已經滅絕的靈長類化石，原人化石，穴居人化石，智人化石，但是沒有發現任何能把猿和人類聯繫起來的化石。我們發現了和達爾文開花植物現象類似的尷尬處境，進化論的阿喀琉斯之踵。
在很多地質圖書館存放了數以百萬計的化石。為什麼我們找到了3億年前不開花植物的代表，找到了1億年前至今仍生存的開花植物的代表，但我們找不到能夠處於兩個物種之間的中間物種的代表？而這些中間物種正是能夠支持進化論的鐵證。
要知道，今天世界上沒有這樣的中間植物，化石上也找不到它們的蹤跡。這可真是達爾文的災難。
這是一個嚴肅的、關鍵的問題，它需要被深層次地徹底分析。理查德.米爾頓（Richard Milton）是一個科學記者，他寫了篇很敏銳的評論；《生命事實：進化論神性祛魅》（Facts of Life： Shattering the Myth of Darwinism）。在這篇文章中，米爾頓說明瞭他為什麼要寫這本書：「中間物種化石的缺席促使我第一次懷疑達爾文進化論。我還意識到，鑑定石頭年代的程序是個無效循環。石頭通常被用來鑑定化石的年代，化石也通常被用來鑑定石頭的年代。從這兒我開始考慮以前從未想過的一些東西：達爾文進化論是否有科學上的缺陷？」
米爾頓明白地表示，他並不支持那些攻擊達爾文進化論的宗教狂熱者。「作為一名一生熱愛地質學和古生物學的科學記者和作家，我在觀察和報導90年代達爾文進化論的處境時，處於一種很特殊的位置。」他說，「結果是確鑿無疑的。進化論已經不起作用了。」
據米爾頓自己說，他曾是一位堅定的進化論者。當他開始審視這個理論時，他定期造訪大不列顛享有盛名的博物館。他收集了最能說明達爾文進化論的例子，滿懷熱情地仔細查看。但它們一個接一個地打破了他的幻想。他意識到世界上很多科學家已經得到了相同的結論。穿著新裝的皇帝顯然和猩猩一樣是光溜溜的。為什麼沒有一個專家在公開的出版物中指責這個理論呢？
原因很簡單。這些科學家通常在大學或者政府公務員位置上討生活，他們訓練有素、頗有資格。如果他們這麼做了，那就是在打破自己的飯碗，而且還將受到眾人鄙夷。搗亂可從來不是流行的做法。政府的獵犬們還健在，並且由於達爾文主義者的加入，他們對學術圈的控制更加牢不可破。這些達爾文主義者正在一點點將他們的信仰教條化，就像他們的對頭創造論者們所做的那樣。
儘管如此，科學家們仍然試圖悄悄地暗示進化論的問題。1967年一次大學演講上，世界知名的人類學家路易斯.李基（Louis B. Leakey）提到了「缺失的一環」，他簡潔地表示：「這兒根本沒有什麼缺失的一環，而是缺失的無數環。」
古爾德最終寫了篇論文，建議應該建立一個理論，專門用來解釋中間物種的缺席和新物種的突兀出現。他稱這種理論為「間斷平衡」。
民眾通常不會被告知達爾文進化論存在著科學問題。並且當普通人意識到創造論和進化論之間有著一場戰爭時，那麼他們顯然會把這當做是一種保衛行為，一種科學與信仰問題之間的古老戰爭，這場戰爭早在一代人之前，就在斯科普斯審判1上取得了和解。當然，與此同時，從猴子到人之間「缺失的一環」也確實讓人有所不安。
進化論的堅定信徒們對於中間物種化石的缺失有過長時間的困惑。他們相信，之所以會有這種缺失，是因為他們還沒找到著中間物種化石的地方。我們怎麼知道事實就是這樣呢？只不過是因為達爾文進化論需要這種說法罷了。所以尋找仍在繼續。但是，在最終承認根本沒有什麼過渡物種化石之前，我們還得花多少時間，進行多少次遠征，需要多久的探索呢？
達爾文知道，如果沒有過渡物種化石的話，他的理論將會成為眾矢之的。
遺傳學家很久之前就瞭解，大量的基因突變是無益甚至有害的。換句話來說，基因突變通常是一種錯誤，是DNA在精確地複製信息過程中的失誤。這顯然說明瞭突變不是一種進化必需的可靠手段，因為自然選擇顯然並沒有提供這麼一種動力，能夠導致進化論者所謂的進化。應該這麼說，自然選擇的運作更像是一種控制機制，一種反饋系統，它清除掉那些不適應的，選擇那些成功適應的。
而且，如果把基因突變作為進化的根源，那麼問題就更多了。正如巴赫在著作中指出的，細胞的生命太複雜了，以至於根本就不可能是隨機性基因突變的產物。達爾文並沒有今天生物學家們擁有的實驗室技術。他研究的是物種，不是細胞結構、線粒體和DNA。但是突變理論在物種這個領域同樣不起作用。
現在我們再回到開花植物這個問題。花兒有著很高的系統性。大多數花朵是特地為蜜蜂和其他授粉昆蟲設計的。那麼，先有蜜蜂還是先有花朵呢？我們立刻就能發現，首要問題是：世世代代依靠無性繁殖的原始不開花植物，是怎麼突然就長出了有性繁殖需要的組織呢？
根據進化論，這一切發生在裸子植物變異時，隨著時間的推移，裸子植物變成開花植物。這一切可能嗎？讓我們來思考以下幾個事實：在開花植物中，在種子植物能夠有性繁殖之前，花粉必須能夠從雄性花藥傳播到雌性柱頭。這種變異得從某時某地的一株植物開始。而這時沒有昆蟲或者動物適合傳播花粉，因為在這之前根本沒有花朵。也就是說，一旦花粉無法傳播，有性繁殖只是一句空談。
正是在這裡，變異、自然選擇和漸進主義之間的聯合被打破了。無性繁殖是怎麼變成有性繁殖的呢？在解釋這個問題時，進化論者說，這是因為進化進行得太慢，所以進化之間的關聯非常微小，很難被觀察到。但這顯然是不合邏輯的推論。如果進化真的很緩慢，那麼我們應該會找到非常多的化石，它們能夠證明「缺失的一環」確實存在。
自然選擇不會選擇讓一種裸子植物或者羊齒植物突然變異出一種新組織，因為這需要毫無意義地消耗植物很多能量。換句話說，無花植物不會慢慢地一部分一部分地長出花朵組織，這樣得花上幾千萬年才能長成具備完整功能的花朵。這顯然和達爾文物競天擇和適者生存的理論相悖。
你越是審視進化論的邏輯推理，你越迷惑。既然旁邊都沒有同種花，那麼一種新進化的花要如何繁衍？為什麼我們在化石中找到了大量裸子植物和被子植物的證據，卻找不到任何中間物種，用來解釋植物是如何變異出花朵的？
如果進化論不能解釋物種形成的原因，不能解釋地球生命如何進化，那麼誰能.弗朗西斯.克里克（Sir Francis Crick），DNA雙螺旋結構的發現者之一，提出了「胚種論」的概念。這種理論認為生命是由外星球高等文明帶到地球上來的。顯然克里克不買達爾文的賬。另外，巴赫在《達爾文的黑匣子》裡還提出了「智能設計論」。
其他的生物學家門，如林恩？馬古利斯（Lynn margulis），則覺得進化論太強調這樣一個觀點：生存背後主要的動力是競爭。她指出，合作同樣易於被觀察到，也同樣重要也許更重要。自然界就有很多共生的例子：花朵需要蜜蜂，反過來，蜜蜂也需要花朵。另外一個例子是菌根真菌和森林。菌根真菌上的細菌能夠為植物產生氮。這樣的例子很多。人類的身體不也是不同的細胞組成的嗎？病毒也一起合作創造了複雜的組織。
老模式已經開始讓路給新的思想和新的模式，如智能設計論和外星介入論。牛頓和弗洛伊德都是19世紀的先行者，他們照亮了知識的小徑。他們的新模式創造了新的前景，解決了舊問題。儘管如此，他們仍有侷限。他們的理論是以機械論和唯物主義為基礎的。隨著愛因斯坦相對論的出現，牛頓理論黯然失色。物理學規律的新模式符合現實，回答了更多的問題，發揮了更大的功用。
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