腸內細菌根據其對人體的作用，大致可分為三種類型: (1) 對人體有良好影響的益菌。(2) 對人體有不良影響的壞菌。(3) 以及依情況有時是好菌，有時是壞菌的中間投機菌等。
最典型的代表，即為吃母奶的寶寶。因為嬰兒吃母奶的緣故，所以腸內有益菌佔優勢。由於有益菌是在接近純粹培養的狀態下繁殖，他們的腸內細菌叢99 % 都是益菌，如: 比菲德菌、乳桿菌，而且又控制了中間投機菌。因此吃母奶嬰兒的便便非常乾淨，氣味是甜甜酸酸的，絕對不會臭。
由於有益菌將母乳乳糖分解成，製造出小分子有機酸，其PH值是5.0左右，完全偏向健康的酸性，因此可以抑制壞菌生長; 還可刺激腸道蠕動、促進礦物質吸收、促進排便與減少致癌物質在腸道中堆積太久，有助腸道健康的保持。
小分子有機酸更可作為腸道黏膜細胞的能源，幫助維持腸道黏膜的完整性，形成一般稱為「腸壁屏障」結構的防護毯，阻隔過敏原和病原穿透腸壁進入血液。所以對於預防腹瀉、脹氣、便秘、降低過敏都有功效。人體70 % 的淋巴組織在腸道，所以好菌越多，身體就越健康。
相反的，喝配方牛奶的的嬰兒便便會有點臭，PH值也在5.7∼6.7接近中性的狀態，雖然有益菌擁有相當大的勢力，但牛奶是動物性蛋白質( 酸性食物)，在腸道被壞菌分解成胺、氨、indole、硫化氫....等腐敗物質，助長繁殖壞菌也多了起來。
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