黃菊得票難看副總理中排末座

在副總理方面，曾經擔任外經貿部長的吳儀，得票數頗為亮麗，獲得贊成票兩千九百零一票，反對票十八張，棄權票十六張。曾培炎獲贊成票兩千八百六十一張，反對票五十三張，棄權票二十一張。回良玉得票數與曾培炎相同，但反對票為四十一張，棄權票為三十三張。最難堪的是，十六大從上海市委書記上調中共中央的黃菊，得票敬陪未座，僅獲贊成票兩千六百九十三張，反對票一百六十一張，棄權票八十一張，合計有兩百四十二張抵制票。

除四個國務院副總理外，同時還選出周永康、曹剛川、唐家璇、華建敏、陳至立五個國務委員，其中華建敏兼任國務院秘書長。